El conjunto rupestre de Peña Rota es una excelente muestra del fenómeno eremítico en la Sierra de la Demanda entre los siglos VIII y XI. Más allá de su magnitud arqueológica, esta arquitectura hipogea o troglodita –integrada por 13 cuevas artificiales excavadas en una gran roca de arenisca- sorprende por su función primigenia de centro religioso cristiano escogido por eremitas o anacoretas como lugar de recogimiento donde confirmar, en palabras del profesor Anibal A. Biglieri, “su existencia de extremas privaciones en busca de una vida de ascetismo y santidad”. Pero el movimiento eremítico comportaba también un cariz sociopolítico, ya que sirvió a los intereses condales en la colonización, reestructuración y reorganización de estas tierras de la serranía burgalesa durante la Reconquista.
Con el tiempo, esos solitarios fueron formando grupos de seguidores tutelados por un superior, bajo orden episcopal, dando paso a una vida en comunidad que fue el germen del monacato.
Las cuevas de Peña Rota constan de una boca exterior o vano de entrada guarnecida por una puerta de madera encajada en la roca que da acceso a un pasillo –con frecuencia en forma de zigzag- que permite la conducción hasta un habitáculo a modo de celda. Dos cuevas presentan un espacio común que facilita el tránsito a diferentes cavidades que serían compartidas por otros tantos penitentes. El acceso a estas oquedades acondicionadas, debido a la altura de buena parte de las mismas, era posible con el auxilio de sencillas escaleras.
Carecemos de noticias sobre la iglesia y la necrópolis.
Desde Peña Rota podemos acercarnos por un coqueto paseo hasta el Puente de San Miguel. Una peculiar formación en roca arenisca cretácica a modo de puente natural. Desde allí se observa una bella panorámica de Salas de los Infantes y sus alrededores.